Вагонный переулок расположен в южной части поселка Железнодорожный к западу от Вагонной улицы Советского района. Назван по месту расположения к вагонному депо Орского отделения ЮУЖД. Застроен в 1940-1950-е годы 4-мя частными шпальными жилыми домами.